NTRK füzyon teşhisinin geleceği: IHC ve NGS

NTRK füzyon kanserlerini teşhis etmek için immünohistokimyanın (IHC) kullanılması hakkında, Oregon Sağlık ve Bilim Üniversitesi’nde bir pediatrik patolog olan Dr. Jessica L Davis; kanser söz konusu olduğunda, anlaşılabilir bir şekilde, bir tedaviye ve bu tedaviyi bulma arayışına çok fazla odaklanmaktadır. Ancak kanseri tedavi edebilmemiz için, onu doğru bir şekilde tespit edebilmesi gerektiğini söylemektedir. Dr. Jessica L. Davis, immünohistokimya (IHC) kullanarak, çocuklarda NTRK füzyon kanserlerinin hızlı ve etkili teşhisine yönelik araştırmalara öncülük etmektedir.

Tropomiyozin Reseptör Kinazları (Trk) ve Kanser

Tropomiyozin veya tirozin reseptör kinaz (Trk) ailesi üyeleri hem nöronal farklılaşmaya hem de hayatta kalmaya etki etmek için nörotrofinleri bağlamasıyla sinir sistemi içinde hayati bir rol oynar. Nörotrofik reseptör kinaz 1 (NTRK1), NTRK2 ve NTRK3 genleri sırasıyla TrkA, B ve C proteinlerini kodlar. Bazı durumlarda, bir NTRK geni, ilişkisi olmayan bir genle birleşir ve Trk sinyalinin kontrolsüz bir şekilde oluşmasına neden olarak kansere yol açabilir.

NTRK füzyonları çoğu kanserde nadirdir, yaygın kanserlerin yaklaşık %0,5-1’inde meydana gelir, ancak bunları salgılayıcı meme karsinomu ve infantil fibrosarkom gibi nadir kanser türlerinde çok daha yüksek frekanslarda (%90’a kadar veya üzerinde) görülmektedir. Bu tür füzyonlar özellikle çocukluk çağı tümörlerinde bol miktarda bulunur. NTRK gen füzyonları, örneğin pediatrik beyin sapı olmayan glioblastomadaki tüm etmen durumların neredeyse yarısını oluşturur.

Neyse ki artık NTRK füzyon tümörleri için ortaya çıkan tedavi seçenekleri var. Yakın zamanda onaylanan larotrectinib (VITRAKVI, Loxo Oncology Inc ve Bayer) gibi Trk inhibitörleri ve çok yakın zamanda FDA3 tarafından ön inceleme hakkı kazanmış olan entrectinib (Genentech/Roche) klinisyenler için seçeneklerdir. Bununla birlikte, bu tedavilere uygun olabilmesi için tümörün bilinen bir kazanılmış direnç mutasyonu olmayan NTRK gen füzyonuna sahip olması gerekir. Henüz FDA onaylı NTRK gen füzyon testi bulunmamaktadır. Bu da bu testi yerel laboratuvarların yaptığı anlamına gelmektedir.

NGS: Güçlü ama Yavaş

Çocuklarda kanser, bilhassa üzücü ve hayati tehlike oluşturma potansiyeli olan bir durum olabilir. Yeni terapötik ajanlar, bu çok genç hastalarda ameliyat ihtiyacını azaltmayı vaat ediyor. Bu nedenle, tedaviye mümkün olan en kısa sürede başlamak için doğru teşhise ulaşabilmek hayati önem taşımaktadır. NGS ve ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) gibi moleküler yöntemler, NTRK genlerine daha kapsamlı bir bakış sağlamalarına rağmen pahalı ve yavaştırlar. Ayrıca tedaviyi geciktirme potansiyeline sahiptir.

       “Hızlı bir şekilde büyüyen tümörleri olan çocuklarınızın olduğu durumlarda, klinisyenler ve onkologların bu konuda bir an önce harekete geçmesi gerekir. Ve NGS sonuçları iki hafta kadar sürebilir.”

Dizileme yöntemlerinin pediatrik mezenkimal tümörlerin bir alt kümesinde tekrarlayıcı olaylar olarak ortaya çıkan bazı yeni NTRK yeniden düzenlemelerini gözden kaçırabilmesi sorunu da vardır.

Dr. Davis’in laboratuvarında, insan TrkA, TrkB ve TrkC proteinlerini hedeflemek için bir anti-TrkA monoklonal antikor klonu EP1058Y (Abcam) ve bir anti-pan-Trk monoklonal antikor klonu EPR17341 (Abcam) kullanılmaktadır. Bu Trk antikorlarının IHC’de kullanımının, çocuklarda mezenkimal tümörlerdeki NTRK füzyonlarının bir belirteci olarak çalışıp çalışmayacağını görmek için yola çıktılar. 

IHC'ye Karşı ya da IHC’yle Kullanılan Moleküler Teknikler?

RT-PCR ve floresan in situ hibridizasyon (FISH), infantil fibrosarkom teşhisinde uzun süredir başvurulan testler olmuştur. Bu araştırmada NGS ile doğrulanan dört vakada ETV6-NTRK3 füzyonunu tanımlamamışlardır. Ayrıca NGS testleri mevcut en kapsamlı test olsa da tüm sağlık sigortaları yüksek maliyeti karşılamamakta. Ek olarak testlerin tamamlanması haftalar alabilir ve ayrıca bu testler nispeten büyük doku hacimlerine ihtiyaç duyarlar.

Bu nedenle, IHC’nin bu moleküler yöntemlerle nasıl karşılaştırıldığını görmek için Dr. Davis ve laboratuvarı düzinelerce NTRK füzyon doku numunesi üzerinde deneyler yürüttü. 79 vaka incelendiğinde, pan-Trk IHC %96,7 oranında hassasiyet, %97,9 oranında özgüllük, %96,67 oranında pozitif prediktif değer ve %97,9 oranında negatif prediktif değer verdi. TrkA IHC 76 vakada, %100 hassasiyet, %63,3 özgüllük, %59,1 pozitif prediktif değer ve %100 negatif prediktif değer verdi. Boyama, pan-Trk ve TrkA IHC ile NTRK1/NTRK2 yeniden düzenlenmiş tümörlerde salt sitoplazmikken, NTRK3 yeniden düzenleme tümörlerinde nükleer boyanma olup olmadığına bağlı olarak sitoplazmikti. NTRK3 yeniden düzenlemelerine sahip tümörler genellikle NTRK 1 ve 2’den daha zayıf boyanmaya sahiptir. Dr. Davis; pan-Trk IHC’nin NTRK yeniden düzenlenmiş tümörleri belirlemeye yardımcı olmak için mükemmel bir araç olduğunu ve TrkA IHC’den daha üstün olduğunu söyledi.

      “NGS ile biraz daha fazla veri elde ediyoruz; mesela füzyon partnerinin ne olduğunu öğreniyoruz. Ancak IHC gerçekten çok hızlı ve bazı vaka alt tiplerinde hızlı olmak faydalıdır. Zaman çok önemlidir.”

Ek araştırmalar, belirli endikasyonlarda özellikle pediatrik tümörlerde ve yeni NTRK yeniden düzenlemelerinin translasyonunun nerede meydana geldiğini belirlemek için IHC NTRK füzyonunun hassasiyetini ve özgüllüğünü kanıtlamıştır. Bununla birlikte en azından şimdilik NGS’nin hastalık prezantasyonunun NTRK yeniden düzenlemesini düşündürdüğü ancak IHC boyamasının zayıf veya negatif olduğu atipik vakaları saptamak için gerekli olduğu açıktır.

Pediatrik mezenkimal tümörler söz konusu olduğunda Dr. Davis, yöntemleri tamamlayıcı bir şekilde kullanarak en iyi uygulamayı ve akla uygun bir yaklaşımı önermektedir. Her tümörde NGS mümkün değildir. IHC mükemmel olmasa da kolayca erişilebilir, hızlı, uygun ve doku açısından verimlidir. Dr. Davis, IHC’yi bir görüntüleme aracı olarak kullanmamızı öneriyor. Bu durumda pan-Trk IHC, orta ila güçlü diffüz sitoplazmik boyanma gördüğümüz NTRK1/NTRK2 füzyonları için ve nükleer pan-Trk boyanmasının olduğu NTRK3 füzyonları için temsili bir gösterge görevi görebilir. Pan-Trk IHC ile zayıf sitoplazmik boyanmanın olduğu durumlarda, bir Trk inhibitörü içeren tedavinin uygunluğunu doğrulamak için NTRK füzyonunu NGS ile valide etmek en iyisi olacaktır.

pan-Trk IHC'nin Geleceği

Dr. Davis tarafından önerilen algoritma ile pan-Trk IHC, NTRK yeniden düzenlemeleri için inanılmaz derecede hızlı ve verimli bir görüntüleme aracı olma gücüne sahiptir.

     “Maalesef, şu anda her tümöre NGS uygulamak pek çok kurum için mümkün değil. Bu durumlarda, IHC paha biçilmez bir görüntüleme aracı haline gelir.”

Bir teşhis aracı olarak IHC, ilaç şirketlerinin ilgisini çeken bir fikirdir. Aslında, Roche yakın zamanda ilk in vitro teşhis (IVT) pan-TRK immünohistokimya testini piyasaya sürdü. Roche’un VENTANA pan-TRK (EPR17341) testi gibi IVT’ler, nihayet bir NGS teşhisini beklemek yerine hastaların tedaviye hemen başlamasını sağlayabilir.

Dr. Davis gibi araştırmacılar ve diğer patologlar bir IHC’yi onaylanmış bir teşhis yöntemi haline getirme umuduyla ilaç şirketleri ve ilaç düzenleyicileriyle şimdiden görüşmeye başladılar. Ama şu anda bir şey söylemek için henüz çok erken.

Pediatrik NTRK füzyon kanserlerine yönelik artan ilginin, özellikle NTRK3 yeniden düzenlemeleri için, gelişmiş teşhis araçlarının gelişimini sağlayacağını ve böylelikle gelişmiş görüntüleme algoritmalarını yükselteceğini umuyoruz. Yaşam bilimi şirketleri, patologlar, ilaç şirketleri, teşhis geliştiricileri, FDA ve klinisyenler arasındaki iş birlikleri, bu araştırmayı tıbbi tedaviye çevirmek için çok önemli olacaktır. Bu ilerlemeler, bu hayati önem taşıyan teşhise ve nihayetinde hasta sonuçlarına ulaşma süresini iyileştirecektir.

KAYNAK: Bilgiler buradan alınmıştır.

Paylaş:

Bu da ilginizi çekebilir